Der Legende nach soll die Bundeslade die Macht Gottes enthalten und war mit besonderen Kräften ausgestattet. Bei der Überschreitung des Jordan bewirkte sie, dass sich die Wasser des Flusses zurückzogen. So Jos 3,15-17: Und als die Träger der Lade an den Jordan kamen und die Füße der Priester, die die Lade trugen, das Wasser berührten - der Jordan war aber während der ganzen Erntezeit über alle Ufer getreten -, da blieben die Fluten des Jordan stehen. Das von oben herabkommende Wasser stand wie ein Wall in weiter Entfernung, bei der Stadt Adam, die in der Nähe von Zaretan liegt. Die zum Meer der Araba, zum Salzmeer, hinabfließenden Fluten dagegen liefen vollständig ab und das Volk zog Jericho gegenüber durch den Jordan. Die Priester, die die Bundeslade des Herrn trugen, standen, während ganz Israel trockenen Fußes hindurchzog, fest und sicher mitten im Jordan auf trockenem Boden, bis das ganze Volk den Jordan durchschritten hatte. Am bekanntesten ist jedoch die Geschichte vom Fall der Stadt Jericho, deren Mauern einstürzten, nachdem die Lade siebenmal um die Stadt getragen worden war. So Jos 6,1-5: Jericho hielt wegen der Israeliten die Tore fest verschlossen. Niemand konnte heraus und niemand konnte hinein. Da sagte der Herr zu Josua: Sieh her, ich gebe Jericho und seinen König samt seinen Kriegern in deine Gewalt.Ihr sollt mit allen Kriegern um die Stadt herumziehen und sie einmal umkreisen. Das sollst du sechs Tage lang tun. Sieben Priester sollen sieben Widderhörner vor der Lade hertragen. Am siebten Tag sollt ihr siebenmal um die Stadt herumziehen und die Priester sollen die Hörner blasen. Wenn das Widderhorn geblasen wird und ihr den Hörnerschall hört, soll das ganze Volk in lautes Kriegsgeschrei ausbrechen. Darauf wird die Mauer der Stadt in sich zusammenstürzen; dann soll das Volk hinübersteigen, jeder an der nächstbesten Stelle.

Nach einer Überlieferung der Thora, der hebräischen Bibel, wurden die Steintafeln mit den Zehn Geboten Gottes in der Bundeslade von den Israeliten auf ihren Wanderungen mitgeführt.  Der Prophet Samuel berichtet, dass die Lade nach einer militärischen Niederlage der Israeliten in die Hand der Philister fiel: 1 Sam 4,10-11: Da traten die Philister zum Kampf an und Israel wurde besiegt, sodass alle zu ihren Zelten flohen. Es war eine sehr schwere Niederlage. Von Israel fielen dreißigtausend Mann Fußvolk. Die Lade Gottes wurde erbeutet... Und weiter: 1 Sam 5,1:  Die Philister brachten die Lade Gottes, die sie erbeutet hatten, nach Aschdod. 1 Sam 5,6: Die Hand des Herrn lastete schwer auf den Einwohnern von Aschdod, und er versetzte sie in Schrecken und schlug Aschdod und sein Gebiet mit der Beulenpest. 1 Sam 6,1: Die Lade des Herrn war sieben Monate lang im Gebiet der Philister. Nach weiteren Ausbrüchen der Beulenpest wurde sie den Israeliten zurückgegeben und dann während zwanzig Jahren in der Stadt Kiryat Ye'arim aufbewahrt. Die Überführung der Bundeslade nach Jerusalem erfolgte dann durch König David. So steht es geschrieben im zweiten Buch Samuel: 2 Sam 6: David versammelte wiederum alle jungen Krieger aus Israel, dreißigtausend Mann, brach auf und zog mit seinem ganzen Heer nach Baala in Juda, um von dort die Lade Gottes heraufzuholen, über der der Name des Herrn der Heere, der über den Kerubim thront, ausgerufen worden ist. Sie stellten die Lade Gottes auf einen neuen Wagen und holten sie so vom Haus Abinadabs, das auf einem Hügel stand; Usa und Achjo, die Söhne Abinadabs, lenkten den neuen Wagen.

Nach der biblischen Überlieferung brachte König David  die Bundeslade in den Tempel auf dem Moriah-Plateau, dem sogenannten Jerusalemer Tempelberg. Im Jahr 587/586 eroberte Nebukanezar II Jerusalem und plünderte den Tempel. Seither gilt die Bundeslade - ihre vorherige Anwesenheit vorausgesetzt - als verschollen.  Es wurden mehrere mögliche Orte für den Standort der Bundeslade vorgeschlagen: Mount Nebo in Jerusalem, die äthiopisch-orthodoxe Tewahedo-Kirche in Axum, eine tiefe Höhle in den Dumghe-Bergen im südlichen Afrika, die Kathedrale von Chartres in Frankreich, die Basilika St. John Lateran in Rom, der Mount Sinai im Tal von Edom, Herdewyke in Warwickshire, England, der Hügel von Tara in Irland und usw.  Für ein mögliches Versteck in den Dumghe-Bergen sprechen folgende Indizien.  Der Dumghe ist der heilige Berg des afrikanischen Stamm der Lemba . Die Lemba sind eine afrikanische Bantu-Ethnie, die im südlichen Afrika in den Staaten Simbabwe, Südafrika und Malawi lebt. Sie bekennen sich zum Judentum, Christentum oder zum Islam. Es gibt die Hypothese, dass sie direkte Nachfahren der Israeliten sind. Ein Teil der Lemba, vor allem die in Südafrika, sehen sich selbst als Juden an. Ihre Vorfahren sollen demnach vor ca. 2700 Jahren Israel verlassen haben. Damals eroberten die Assyrer das israelische Nordreich. Gewisse religiöse Praktiken der Lemba angesehen, die denen des Judentums entsprechen und eine Herkunft aus dem Nahen Osten nahelegen unterstützen diese Hypothese. Die Lemba essen kein Schweinefleisch, praktizieren die Beschneidung der Jungen, sie schächten ihr Vieh, die männlichen Lemba tragen eine Kippa und seit dem späten 20. Jahrhundert werden auf ihren Gräbern Davidsterne dargestellt. Nach ihrer Gründungslegende besaßen die Lemba ein tragbares Wanderheiligtum, das Ngoma Lugundu („Trommel der Ahnen“) genannt wird und das sie aus dem „Norden“ in ihre heutige Heimat geführt haben soll. Ein Vergleich mit der Bundeslade der biblischen Israeliten liegt nahe. Im Gegensatz zur Bundeslade ist das Ngoma Lugundu kein tragbarer Schrein, sondern ein tragbares, trommelähnliches Instrument. Sie war in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts mehrere Jahrzehnte verschollen, bis sie 2007 wiederentdeckt wurde. Ihr Alter wird auf ca. 700 Jahre geschätzt. Ein Standort der Bundeslade in der Kathedrale Notre-Dame von Chartres ist möglich aber unwahrscheinlich. Im Jahr 876 weihte Karl der Kahle dort aber eine Kirche und übergab dem Sanktuarium eine heilige Reliquie, die als Sancta Camisia bezeichnete Tunika, die die Jungfrau Maria bei der Verheißung der Geburt Jesu durch den Erzengel Gabriel  getragen haben soll. Heute ist in der Kathedrale ein ungefähr 30 × 30 cm großes Tuch dieser Tunika zu besichtigen. Auch ein Versteck auf dem Berg Sinai ist eher unwahrscheinlich. Der Berg Sinai ist der Berg , auf dem Moses laut dem Buch Exodus in der hebräischen Bibel die Zehn Gebote von Gott gegeben wurden.  Im Buch Deuteronomium wird jedoch beschrieben, dass sich diese Ereignisse am Berg Horeb ereigneten . „Sinai“ und „Horeb“ wird unter Bibelgelehrten im Allgemeinen aber gleichgesetzt.  Ex 3,1-2: Mose weidete die Schafe und Ziegen seines Schwiegervaters Jitro, des Priesters von Midian. Eines Tages trieb er das Vieh über die Steppe hinaus und kam zum Gottesberg Horeb. Dort erschien ihm der Engel des Herrn in einer Flamme, die aus einem Dornbusch emporschlug. Er schaute hin: Da brannte der Dornbusch und verbrannte doch nicht. Der in der Bibel beschriebene Standort des Berges Sinai bleibt allerdings umstritten.  Ex 19,2-3:  Sie waren von Refidim aufgebrochen und kamen in die Wüste Sinai. Sie schlugen in der Wüste das Lager auf. Dort lagerte Israel gegenüber dem Berg. Mose stieg zu Gott hinauf. Da rief ihm der Herr vom Berg her zu: Das sollst du dem Haus Jakob sagen und den Israeliten verkünden.  Die Bibel erzählt dass der Berg Sinai  in eine Wolke gehüllt war. Ex 24,15-17:  Dann stieg Mose auf den Berg und die Wolke bedeckte den Berg. Die Herrlichkeit des Herrn ließ sich auf den Sinai herab und die Wolke bedeckte den Berg sechs Tage lang. Am siebten Tag rief der Herr mitten aus der Wolke Mose herbei. Die Erscheinung der Herrlichkeit des Herrn auf dem Gipfel des Berges zeigte sich vor den Augen der Israeliten wie verzehrendes Feuer. Rauch und Feuer in der Bibel deuten darauf hin, dass der Berg Sinai ein aktiver Vulkan war.  Die Bibel würde angeblich einen Vulkanausbruch beschreiben. Dies schließt alle Berge der Halbinsel Sinai und ebenso im Gebirge Seir aus (ein Gebirge im Süden Israels).  Der Berg Seir liegt in einem Gebirge im Zentrum von Edom und wird von einigen Schriftgelehrten mit dem Sinai gleichgesetzt. Übrig bleiben drei Vulkane im biblischen Midian, im Nordwesten von Saudi-Arabien, von denen Hala l-Badr , ein 1570 Meter hoher Vulkan in  in der Provinz Medina, im Nordwesten von Saudi-Arabien, der der bekannteste ist.  Einige Bibelforscher halten ihn für den Berg Sinai. Andere wiederum identifizierten den Jebel al-Madhbah ( Berg des Altars ) in Petra als identisch mit dem biblischen Berg Sinai. Das Tal, in dem Petra liegt, ist als Wadi Musa bekannt , was „ Tal von Moses“ bedeutet , und am Eingang zum Siq befindet sich Ain Musa, was „ Quelle von Moses“ bedeutet . Der arabische Chronist Numari aus dem 13. Jahrhundert behauptete, dass Ain Musa der Ort war, an dem Moses Wasser aus der Erde geholt hatte, indem er mit seinem Stab darauf schlug .

Die meisten Forscher nehmen an, dass die Bundeslade bei den Kämpfen im Zuge der Eroberung Jerusalems durch Nebukanezar II  zerstört wurde. Dagegen spricht aber die Schilderung im zweiten Buch der Makkabäer (2 Makk 2,5). Dem zufolge hat der Prophet Jeremia, vor Nebukadnezars Plünderung, die Bundeslade, am Berg Nebo in einer Höhle vergraben. Die Bundeslade ist angeblich schon mehrmals gefunden worden. So entdeckten Europäische Kreuzritter bei der Eroberung Jerusalems Tunnel im Tempelberg. Darin soll sich auch die Bundeslade befunden haben. Die Tunnel existieren wirklich. Hinweise auf einen Fund oder Verbleib der Bundeslade finden sich in den Überlieferungen des Templerordens und der Kreuzzüge jedoch keine. Archäologische Forschungen auf dem Tempelberggelände sind von den islamischen Behörden heute streng untersagt. In den 1920er-Jahren behauptete der Amerikaner Antonia Frederick Futterer, er habe im Berg Nebo in Jordanien einen Geheimgang mit einem Verschluss an seinem Ende gefunden, der die Hieroglyphen-Inschrift „Hierin liegt die goldene Bundeslade“ trug. Die Behauptung konnte jedoch nicht verifiziert werden. 1981 behauptete der Amerikaner Tom Crotser, im Berg Nebo, am Ende eines Ganges in einer Krypta, die Bundeslade gefunden zu haben. Auch diese Behauptung konnte nicht verifiziert werden. Der 808 m hohe Berg Nebo liegt im Gebirge Abarim in Jordanien. Auf der Spitze des Berges wurde um 393 eine Kirche erbaut, von der nur noch wenige Reste – Steinblöcke und Teile des Mosaikbodens - übrig sind. Vielleicht sollte man im Untergrund der ehemaligen Kirche suchen. Heute befinden sich auf dem Gipfel des Nebo eine Taufkapelle aus dem Jahr 531 n. Chr. und ein Kloster des Franziskanerordens. Noch im 7. Jahrhundert war der Berg ein viel besuchtes Pilgerziel. Die religiöse Bedeutung dieses Berges ist auch heute noch ungebrochen. Am 9. Mai 2009 sagte Papst Benedikt XVI. während seiner Pilgerreise zu den Heiligen Stätten: Von diesem heiligen Berg lenkt Mose unseren Blick auf die Erfüllung aller Verheißungen Gottes in Christus.  Laut dem 5. Buch Mose 32, 48-52 durfte Mose vom Berg Nebo aus das gelobte Land zwar sehen, ohne es aber selbst betreten zu können. Mose starb auf dem Berg Nebo.